L-谷氨酰胺提取精制上的困難主要來自以下幾個方面。
（一）L-谷氨酰胺化學性質不穩(wěn)定
L-谷氨酰胺在熱水、酸、堿中易水解為谷氨酸或吡咯烷銅羧酸，因此，L-谷氨酰胺的提取精制必須是在溫和的條件下進行。
（二）L-谷氨酰胺廣泛的生物學營養(yǎng)
L-谷氨酰胺生物學功能廣泛。上至人類，下至細菌都離不開L-谷氨酰胺，因此，在分離純化過程中，如果不注重分離純化的環(huán)境質量，外界微生物會利用發(fā)酵液中的L-谷氨酰胺，放置時間越長，最終的收率越低。另外，發(fā)酵液出罐后，理論上應該立即除去菌體，因為在發(fā)酵結束后，發(fā)醇菌株也會反過來利用已產生的L-谷氨酰胺，同時，整個分離純化過程應當在化溫下進行。
（三）高濃度的硫酸鎊對提取精制的影響
L-谷氨酰胺發(fā)酵需要不斷地向發(fā)酵菌液中通氨，以補充不斷消耗的銨離子和條件PH，因此，在發(fā)酵結束后，發(fā)酵液中會有高濃度的硫酸銨。目前，分離純化氨基酸，大部分都會選擇離子交換，實驗也證明離子交換在分離純化氨基酸有很好的效果。但L-谷氨酰胺由于化學性質不穩(wěn)定，在高濃度的硫酸錢下，其在離子交換柱上由于酸堿條件部分分解成谷氨酸，進而影響最后的收率。
